巧克力囊肿通过药物治疗通常无法完全消除，但可以控制症状和延缓进展。巧克力囊肿的治疗方法主要有口服避孕药、孕激素类药物、促性腺激素释放激素激动剂、中药调理、手术治疗等。

口服避孕药可以抑制卵巢功能，减少月经量和子宫内膜异位病灶的出血，从而缓解痛经和盆腔疼痛。常见的口服避孕药包括炔雌醇环丙孕酮片、去氧孕烯炔雌醇片等。这类药物适合症状较轻且暂无生育需求的患者，需长期规律服用才能维持效果。

孕激素类药物如地诺孕素、左炔诺孕酮宫内缓释系统可直接作用于子宫内膜，使其萎缩变薄，减少病灶出血和炎症反应。这类药物对囊肿体积的缩小作用有限，但能显著改善痛经和性交痛等症状，适合暂时不愿手术的患者。

促性腺激素释放激素激动剂如亮丙瑞林、戈舍瑞林可通过抑制垂体分泌促性腺激素，造成暂时性绝经状态，使异位内膜萎缩。这类药物可能导致低雌激素症状如潮热、骨质疏松，通常建议联合反向添加治疗，使用周期不超过半年。

中药如桂枝茯苓胶囊、散结镇痛胶囊等具有活血化瘀、软坚散结的作用，可缓解痛经和盆腔不适，但对囊肿体积的缩小效果不明确。中药治疗需长期坚持，适合作为辅助治疗手段，须在中医师指导下辨证使用。

腹腔镜囊肿剥除术是根治巧克力囊肿的主要方式，尤其适合囊肿较大、症状严重或合并不孕的患者。手术可彻底清除病灶，但存在复发风险，术后常需配合药物巩固治疗。对于无生育需求且病情严重的患者，可能需考虑子宫全切术。

巧克力囊肿患者需建立长期管理意识，药物治疗期间应定期复查超声监测囊肿变化。日常避免剧烈运动以防囊肿破裂，经期注意保暖缓解痛经。饮食宜清淡，减少高脂肪食物摄入，适量补充维生素E和欧米伽3脂肪酸有助于减轻炎症反应。合并贫血者可增加富含铁元素的食物，如动物肝脏、菠菜等。若出现急性腹痛或囊肿迅速增大，须及时就医排除破裂或恶变可能。