怀孕三个月小肚子隐隐作痛可能由子宫扩张、韧带拉伸、胃肠不适、尿路感染、先兆流产等原因引起，可通过休息、热敷、调整饮食、药物治疗、就医检查等方式缓解。

1、子宫扩张：怀孕三个月时，子宫逐渐增大以适应胎儿的生长，这种扩张可能引起小腹隐隐作痛。通常这种疼痛是轻微的，可以通过多休息、避免剧烈活动来缓解。如果疼痛持续或加重，需及时就医排除其他问题。

2、韧带拉伸：随着子宫的增大，支撑子宫的圆韧带也会被拉伸，导致小腹疼痛。这种疼痛通常是间歇性的，尤其是在改变体位时明显。可以通过热敷、轻柔按摩或佩戴孕妇托腹带来缓解不适。

3、胃肠不适：怀孕期间激素水平的变化可能导致胃肠功能紊乱，如胀气、便秘等，进而引起小腹疼痛。可以通过调整饮食，增加富含纤维的食物如燕麦、苹果，并多喝水来改善症状。

4、尿路感染：怀孕期间由于子宫压迫膀胱，容易发生尿路感染，表现为小腹疼痛、尿频、尿急等症状。需及时就医，医生可能会开具安全的抗生素如阿莫西林胶囊500mg，每日三次进行治疗。

5、先兆流产：小腹隐隐作痛也可能是先兆流产的征兆，尤其是伴随阴道出血时。需立即就医，医生会根据情况开具黄体酮胶囊100mg，每日两次或进行其他保胎治疗，同时建议卧床休息。

怀孕期间小腹隐隐作痛的原因多样，建议孕妇保持均衡饮食，如多吃富含蛋白质的鸡蛋、鱼类，以及富含维生素的蔬菜水果；适当进行轻度运动，如孕妇瑜伽或散步；注意休息，避免过度劳累。如果疼痛持续或伴随其他不适，应及时就医检查。