做完肠镜肛门疼得厉害可能与肠镜操作刺激、肛门局部损伤、肠道痉挛、肛周疾病或术后并发症等因素有关，可通过热敷、药物缓解、调整饮食等方式改善。

肠镜检查过程中，内镜通过肛门进入肠道时可能对肛管黏膜造成机械性摩擦，导致暂时性充血水肿。部分患者因肠道弯曲度大或肠管痉挛，操作时间延长会加重刺激。通常表现为检查后数小时内肛门灼热感或隐痛，无须特殊处理，建议卧床休息并用温水清洁肛周。

若检查时存在痔疮、肛裂等基础疾病，内镜通过可能造成黏膜撕裂或擦伤。疼痛多呈撕裂样，可能伴随少量出血。可遵医嘱使用复方角菜酸酯乳膏保护创面，或使用利多卡因凝胶局部镇痛。避免久坐或用力排便，必要时口服布洛芬缓释胶囊缓解疼痛。

肠镜注气扩张肠道可能引发肠壁平滑肌痉挛，疼痛可放射至肛门区域，表现为阵发性绞痛。热敷下腹部有助于缓解肌肉紧张，严重时可遵医嘱服用山莨菪碱片解除痉挛。检查后2小时内避免进食，待排气后再摄入流质食物。

原有肛窦炎、血栓性外痔等疾病可能在检查后因刺激急性发作。疼痛常为搏动性，可能伴肛门坠胀感。需确诊后使用马应龙麝香痔疮栓消炎止痛，或口服地奥司明片改善静脉回流。每日用高锰酸钾溶液坐浴2次，每次10分钟。

极少数情况下，肠镜活检或息肉切除后可能出现肛周感染或血肿。疼痛持续加重并伴随发热、脓性分泌物时，需警惕肛周脓肿。应紧急就医进行抗感染治疗，如口服头孢克洛分散片，严重者需切开引流。术后48小时内避免剧烈活动。

肠镜检查后应保持肛门清洁干燥，穿宽松棉质内裤减少摩擦。饮食以低渣流食为主，如米汤、藕粉，逐步过渡到正常饮食。避免辛辣刺激食物及酒精摄入，多饮水预防便秘。若疼痛超过24小时未缓解或出现便血、发热等症状，需立即返院复查。日常可进行提肛运动增强盆底肌功能，但急性疼痛期应暂停锻炼。