功能性消化不良通常可以根治，但需结合病因采取综合治疗。主要干预方式有饮食调整、压力管理、药物治疗、益生菌补充、中医调理等。

减少高脂、辛辣及产气食物摄入，采用少食多餐模式。建议选择易消化的食物如米粥、馒头，避免进食过快或暴饮暴食。记录饮食日记有助于识别个体敏感食物，部分患者通过长期饮食管理可使症状完全消失。

焦虑抑郁等情绪因素可能加重症状，可通过正念训练、腹式呼吸等方式缓解压力。建立规律作息，保证充足睡眠。心理干预对因精神因素诱发的患者效果显著，部分病例在情绪改善后症状可永久缓解。

促胃肠动力药如多潘立酮、莫沙必利可改善胃排空，抑酸剂如雷贝拉唑适用于烧心症状。消化酶制剂能辅助分解食物，但需遵医嘱短期使用。药物治疗通常作为辅助手段，需配合生活方式调整。

双歧杆菌、乳酸菌等益生菌制剂可调节肠道菌群平衡，改善腹胀症状。建议选择含多种菌株的复合制剂，连续补充一段时间。部分患者肠道微生态恢复后，消化功能可逐步恢复正常。

中医辨证施治常用柴胡疏肝散、保和丸等方剂，针灸取穴以足三里、中脘为主。需持续治疗一段时间，配合饮食忌口。体质调理见效较慢但效果持久，部分患者经系统调理后不再复发。

功能性消化不良的根治需建立在对因治疗基础上，建议患者在医生指导下制定个性化方案。保持适度运动如散步、瑜伽有助于胃肠蠕动，避免饭后立即平卧。症状缓解后仍需维持健康生活习惯，定期复查评估治疗效果。多数患者通过系统管理可获得长期缓解，但存在体质差异，少数病例可能需反复干预。