新生儿脑炎可能遗留智力障碍、运动功能障碍、癫痫、视听障碍及行为异常等后遗症。后遗症严重程度与感染类型、治疗时机、脑损伤范围等因素相关。

病毒或细菌侵袭脑实质可能导致认知功能受损，表现为语言发育迟缓、学习能力低下。部分患儿需长期接受特殊教育训练，早期干预可改善预后。脑炎后智力障碍与颞叶、额叶皮质损伤关联密切。

基底节区或运动皮层损伤易引发肌张力异常、共济失调等运动障碍，严重者出现脑性瘫痪。康复治疗包括神经发育疗法、运动再学习训练，部分患儿需辅以矫形器改善活动能力。

约三成幸存患儿会出现继发性癫痫，与海马硬化或皮质瘢痕形成有关。临床常用左乙拉西坦、奥卡西平等抗癫痫药物控制发作，难治性癫痫需评估手术指征。

听神经损伤可导致感音神经性耳聋，视通路受损可能引起视野缺损或皮质盲。需通过脑干听觉诱发电位、视觉诱发电位等检查评估，早期佩戴助听器或视觉训练有助于功能代偿。

前额叶损伤患儿可能出现注意力缺陷、情绪失控等行为问题。行为矫正训练结合哌甲酯等药物可改善症状，青春期后部分症状可能自行缓解。

建议定期进行发育评估和神经功能检查，坚持康复训练可最大限度促进功能恢复。母乳喂养期间母亲应保证充足营养摄入，避免接触感染源。居家护理需注意预防跌倒伤，保持环境安静减少癫痫诱发因素。疫苗接种是预防感染性脑炎的关键措施。