孩子反复高烧39度持续四天且两个月后复发，可能与病毒感染、细菌感染、免疫系统异常、支原体感染或川崎病等因素有关。需结合具体症状和检查结果综合判断。

1、病毒感染：

儿童反复高烧最常见的原因是病毒感染，如流感病毒、腺病毒等。这类感染通常具有自限性，但部分病毒可能潜伏在体内导致症状反复。治疗以对症支持为主，可遵医嘱使用抗病毒药物，同时需密切观察是否出现并发症。

2、细菌感染：

细菌性扁桃体炎、中耳炎或尿路感染等均可引起反复高热。细菌感染往往伴随局部红肿热痛等炎症表现。需通过血常规、C反应蛋白等检查确诊，必要时使用抗生素治疗，但需在医生指导下规范用药。

3、免疫系统异常：

免疫功能低下或自身免疫性疾病可能导致反复感染。表现为发热反复发作，可能伴随淋巴结肿大、皮疹等症状。建议进行免疫功能检查，必要时转诊至免疫专科进一步评估。

4、支原体感染：

支原体肺炎等非典型病原体感染常表现为持续性高热，病程较长且易复发。典型症状包括刺激性干咳、胸痛等。确诊需依靠血清学检查或咽拭子培养，治疗需使用大环内酯类抗生素。

5、川崎病：

一种儿童血管炎性疾病，特征为持续高热5天以上，伴结膜充血、草莓舌、手足硬肿等症状。若不及时治疗可能损害冠状动脉。需住院进行静脉注射免疫球蛋白治疗，并长期随访心脏情况。

建议记录发热时间、伴随症状及体温变化情况，及时就医完善血常规、C反应蛋白、病原学检查等。保持充足水分摄入，选择易消化食物如粥类、蒸蛋等。发热期间避免剧烈运动，注意监测体温变化。若出现精神萎靡、抽搐、呼吸困难等危重症状需立即急诊。定期随访观察病情变化，必要时进行免疫功能或遗传代谢病筛查。