头部磁共振和CT的主要区别在于成像原理、适用场景及检查侧重点不同。磁共振利用磁场和射频波生成软组织高分辨率图像，CT则通过X射线断层扫描快速显示骨质结构和急性出血。

磁共振成像依赖氢原子核在磁场中的共振信号，对脑组织、神经、血管等软组织的分辨率极高，能清晰显示肿瘤、炎症或脱髓鞘病变。CT扫描基于X射线穿透组织的衰减差异，对颅骨骨折、急性脑出血或钙化灶的检测更敏感，检查过程仅需数分钟。

磁共振更适合诊断脑梗死早期病灶、垂体微腺瘤、癫痫灶定位等细微病变，对脊髓及后颅窝结构显示优于CT。CT在急诊场景中优势明显，如外伤后颅内血肿、脑挫裂伤的快速评估，同时能筛查脑血管畸形或动脉瘤的钙化迹象。

磁共振无电离辐射，但体内有金属植入物或幽闭恐惧症患者可能受限，检查时噪声较大需佩戴耳塞。CT存在X射线暴露风险，孕妇需谨慎选择，但现代低剂量技术已显著降低辐射量，造影剂过敏者需提前告知

磁共振检查需15-45分钟，要求患者保持静止，对运动伪影敏感，儿童可能需镇静处理。CT扫描速度快，多数情况下5分钟内完成，适合危重患者或无法长时间配合者，但增强扫描需注射碘造影剂。

磁共振设备成本高，检查费用通常是CT的2-3倍，基层医院普及率较低。CT性价比更高且普及广泛，对于初步筛查或随访复查更具优势，但复杂病例仍需磁共振补充诊断。

选择检查方式需结合临床需求，急性卒中或外伤优先考虑CT，慢性头痛或神经系统症状建议磁共振。检查前应去除金属物品，告知医生过敏史和既往手术史，妊娠期女性需特别评估风险。两种技术互补而非替代，医生会根据症状体征综合判断最优方案。