CT和核磁共振的主要区别在于成像原理、适用场景及检查侧重点。CT利用X射线断层扫描，适合快速检查骨骼、肺部等硬组织；核磁共振依赖磁场和射频脉冲，对软组织、神经系统及关节显像更清晰。

CT检查速度快，单次扫描仅需数秒至数分钟，适合急诊或需快速诊断的情况，如外伤后颅内出血、骨折等。其成像对钙化灶、肺部结节等显示敏感，但存在电离辐射，孕妇及儿童需谨慎选择。核磁共振无辐射风险，可多平面成像，对脑组织、脊髓、肌肉韧带等软组织的分辨率极高，能清晰显示肿瘤、炎症及早期脑梗死，但检查时间较长，通常需20-60分钟，且对体内有金属植入物或幽闭恐惧症患者不适用。

CT设备对运动伪影耐受性较强，心脏CT可评估冠状动脉狭窄，而核磁共振在动态观察器官功能方面更具优势，如脑功能成像或肝脏特异性对比增强。两者费用差异明显，一线城市CT平扫约300-800元，增强扫描800-2000元；核磁共振平扫约600-1500元，增强扫描1200-3000元，具体费用与检查部位和机构定价相关。

检查前需根据医生建议选择合适方式。CT检查前需去除金属物品，增强扫描需评估肾功能；核磁共振需严格筛查体内金属异物，佩戴心脏起搏器者禁止检查。若需重复进行影像学检查，可优先考虑无辐射的核磁共振以减少累积辐射量。