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感染因素微生物在IBD发病中的作用一直受到重视,但至今尚未找到某一特异微生物病原与IBD有恒定关系。有研究认为副结核分枝杆菌及麻疹病毒与CD有关,但证据尚缺乏说服力。近年关于微生物致病性的另一种观点正日益受到重视,这一观点认为IBD(特别是CD)是针对自身正常肠道菌丛的异常免疫反应引起的。有两方面的证据支持这一观点。一方面来自IBD的动物模型,用转基因或敲除基因方法造成免疫缺陷的IBD动物模型,在肠道无菌环境下不会发生肠道炎症,但如重新恢复肠道正常菌丛状态,则出现肠道炎症。