巧克力囊肿的治疗方式主要有药物治疗、手术治疗、中医调理、穿刺硬化治疗、辅助生殖技术等，需根据患者年龄、症状严重程度及生育需求综合选择。

适用于囊肿较小或症状较轻的患者。常用药物包括口服避孕药如炔雌醇环丙孕酮片，可抑制卵巢功能减少囊肿进展；促性腺激素释放激素激动剂如醋酸亮丙瑞林微球，通过降低雌激素水平缩小囊肿；非甾体抗炎药如布洛芬缓释胶囊可缓解痛经。药物治疗需持续3-6个月，复发率较高，适合暂时无生育需求者。

腹腔镜囊肿剔除术是首选术式，能彻底清除异位内膜组织并保留卵巢功能，术后联合药物可降低复发风险。对于年龄较大或无生育需求者，可考虑患侧附件切除术。手术适用于囊肿超过5厘米、疼痛严重或合并不孕的患者，但需注意术后可能影响卵巢储备功能。

采用活血化瘀类中药如桂枝茯苓胶囊配合艾灸关元穴，可改善盆腔血液循环，缓解痛经和腰骶坠胀感。中药灌肠疗法使用红藤汤保留灌肠，通过肠壁直接作用于病灶。中医治疗周期较长，适合作为术后辅助或轻度患者的保守治疗。

在超声引导下穿刺抽吸囊液后注入无水乙醇，使囊壁上皮细胞变性坏死。该方法创伤小、恢复快，适用于复发囊肿或不能耐受手术者，但存在囊液外溢导致盆腔粘连的风险，且对较大囊肿效果有限。

对于合并不孕的患者，在手术清除囊肿后，若自然受孕困难可采用体外受精-胚胎移植技术。控制性超排卵前使用GnRH-a预处理3-6个月可提高卵子质量，但需评估卵巢储备功能。子宫内膜异位症IVF成功率略低于单纯输卵管因素不孕。

巧克力囊肿患者日常需保持规律作息，避免过度劳累及剧烈运动。饮食上减少红肉、酒精及高脂食物摄入，适量补充维生素E和欧米伽3脂肪酸。痛经时可使用热水袋热敷下腹部，每月记录月经周期及症状变化。术后患者应遵医嘱定期复查超声和CA125水平，计划妊娠者建议在术后6-12个月内尝试受孕。出现急性腹痛需警惕囊肿破裂或蒂扭转，应立即就医。