咽峡炎潜伏期一般为1-3天，实际时间受到病毒类型、免疫力状态、年龄、接触病毒量、环境因素等多种因素的影响。

不同病毒引起的咽峡炎潜伏期存在差异。柯萨奇病毒A组感染潜伏期多为1-3天，而肠道病毒71型感染可能延长至3-5天。病毒复制速度直接影响症状出现时间，部分变异株可能突破常规潜伏范围。

免疫功能较强的人群可能延长潜伏期至5天，体内免疫系统能暂时抑制病毒增殖。免疫缺陷患者或长期使用免疫抑制剂者，潜伏期可能缩短至12-24小时，病毒在体内快速扩散。

儿童因免疫系统发育不完善，潜伏期通常较短，约1-2天即出现症状。成年人潜伏期相对稳定，老年人因免疫功能衰退可能出现潜伏期波动，既可能缩短也可能延长。

高浓度病毒暴露可导致潜伏期显著缩短，如密切接触患者飞沫后12小时内发病。低剂量病毒接触可能延长潜伏期至5天，病毒需要更长时间完成初始增殖。

寒冷干燥环境可能缩短潜伏期，黏膜屏障功能下降加速病毒入侵。夏季湿热环境下，部分患者潜伏期可能延长，这与病毒在体外存活时间变化有关。

咽峡炎潜伏期内已具有传染性，建议保持室内通风，避免与婴幼儿及免疫力低下者密切接触。发病初期可适量饮用温蜂蜜水缓解咽喉不适，出现高热或吞咽困难应及时就医。日常注意手卫生，在流行季节减少人群密集场所暴露，均衡饮食有助于维持黏膜免疫屏障功能。