小分子肽可用于辅助治疗营养不良、免疫力低下、术后恢复等疾病，但无法替代药物治疗。小分子肽是蛋白质分解的中间产物，具有易吸收、生物活性高等特点，主要适用于特定人群的营养补充。

小分子肽可作为肠内营养制剂辅助改善蛋白质-能量营养不良。对于消化功能减退的老年人或胃肠手术后患者，小分子肽无需复杂消化即可被吸收，有助于纠正负氮平衡。临床常用含小分子肽的肠内营养粉如短肽型全营养配方粉，需在医生指导下使用。

部分小分子肽具有免疫调节作用，如乳清蛋白肽、大豆肽等可能通过激活巨噬细胞增强免疫功能。适用于放化疗后免疫力低下患者，但需配合正规治疗。市售免疫调节类保健食品如牛初乳蛋白肽粉，不能替代药物治疗自身免疫性疾病。

胶原蛋白肽可能促进伤口愈合，常用于术后、烧伤患者的营养支持。其含有的甘氨酸、脯氨酸等氨基酸是组织修复的原料，但严重创伤仍需规范清创和抗感染治疗。相关产品如水解胶原蛋白肽粉属于特殊医学用途配方食品。

某些钙结合肽可促进钙质吸收，辅助改善骨质疏松。但骨代谢疾病需以抗骨质疏松药物为主，如阿仑膦酸钠片、唑来膦酸注射液等。乳矿物盐肽复合制剂等保健品不能替代双膦酸盐类药物治疗。

运动后补充乳清蛋白肽有助于缓解肌肉微损伤，缩短恢复周期。这类产品属于运动营养食品，如水解乳清蛋白粉，适用于高强度训练人群。但肌肉疾病或严重运动损伤需医学干预。

使用小分子肽产品需注意其属于营养补充剂范畴，不能宣称治疗功效。选择具有蓝帽子标志的保健食品或特医食品，避免购买三无产品。慢性病患者、孕妇等特殊人群使用前应咨询医生。日常饮食中适量摄入鱼、蛋、豆类等优质蛋白同样能获取必需氨基酸，无须过度依赖肽类补充剂。