巧克力囊肿可能持续疼痛，也可能间歇性发作，疼痛程度因人而异。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现，主要与月经周期激素变化、囊肿大小、是否发生破裂或扭转等因素有关。

巧克力囊肿引起的疼痛通常与月经周期相关，多数患者在经期前后出现下腹坠痛或腰骶部酸痛，部分可能伴随性交痛或排便疼痛。囊肿体积较大时可能对周围器官产生压迫，导致持续性隐痛；若发生囊肿破裂或卵巢扭转，则可能引发剧烈腹痛，属于急症需立即就医。疼痛程度还受个体痛阈差异、盆腔粘连范围以及是否合并盆腔炎症等因素影响。

少数患者可能无明显疼痛症状，仅在体检时发现囊肿存在。这类情况多见于囊肿体积较小、位置未触及神经敏感区域或患者对疼痛耐受度较高时。但无症状不代表无需干预，巧克力囊肿可能随月经周期反复出血导致体积增大，长期存在可能影响卵巢功能或导致不孕。

建议巧克力囊肿患者定期复查超声监测囊肿变化，疼痛明显时可遵医嘱使用布洛芬缓释胶囊、萘普生片等非甾体抗炎药缓解症状。日常避免剧烈运动以防囊肿破裂，经期注意保暖，保持规律作息有助于调节内分泌。若囊肿直径超过5厘米、备孕困难或药物控制无效，需考虑腹腔镜手术等治疗方式。