疱疹性咽峡炎潜伏期一般为3-5天，实际时间受到病毒载量、个体免疫力、年龄、接触程度、基础疾病等多种因素的影响。

病毒入侵数量直接影响潜伏期长短。当患者接触大量柯萨奇病毒时，病毒在咽部黏膜复制速度加快，可能缩短潜伏期至2-3天。儿童集体环境中交叉感染常出现此类情况，需注意观察口腔黏膜变化。

免疫功能较强的成人可能延长潜伏期至7天，而免疫缺陷者或婴幼儿可能在24-48小时内发病。母乳喂养的婴儿因母体抗体保护，部分病例潜伏期可超过5天。

5岁以下儿童因免疫系统发育不完善，潜伏期普遍短于成人。临床数据显示3岁患儿平均潜伏期比学龄儿童短1-2天，体温上升更快。

与患者共用餐具或密切接触会显著增加病毒暴露量。家庭聚集性病例中，后续感染者潜伏期往往比首发病例缩短30％以上。

合并营养不良或慢性呼吸道疾病的患儿，潜伏期可能缩短且症状更重。这类患者需提前监测咽部充血情况，必要时进行病毒检测。

潜伏期内已具备传染性，建议保持室内通风并对玩具餐具消毒。发病初期可给予常温流食，避免酸性食物刺激溃疡。出现持续高热或拒食时应及时就医，警惕脱水等并发症。恢复期仍须隔离1周，防止病毒通过粪便持续传播。