月经颜色发黑且量少后发现怀孕，可能由着床出血、黄体功能不足、先兆流产、宫外孕或内分泌紊乱等原因引起，需结合具体症状和检查结果综合判断。

1、着床出血：

受精卵着床时可能导致子宫内膜轻微剥脱，表现为少量暗红色或褐色分泌物。这种出血通常发生在受孕后10-14天，持续时间短于正常月经，无需特殊处理，但需注意观察是否伴随腹痛等异常症状。

2、黄体功能不足：

孕早期黄体酮分泌不足可能导致子宫内膜支持不足，出现少量黑色分泌物。这种情况可能伴随乳房胀痛减轻等黄体功能不足表现，需通过孕酮检测确认，必要时在医生指导下进行黄体酮补充治疗。

3、先兆流产：

妊娠初期阴道出血可能为先兆流产征兆，血液在宫腔内滞留氧化后呈黑色。通常伴有下腹坠痛或腰骶部酸痛，需立即就医进行超声检查和血HCG监测，根据情况采取卧床休息或保胎治疗。

4、宫外孕：

异位妊娠破裂前可能出现少量黑褐色出血，常伴随单侧下腹撕裂样疼痛。该情况属于急症，需通过阴道超声和血HCG动态监测排除，确诊后需立即进行药物或手术治疗。

5、内分泌紊乱：

多囊卵巢综合征等内分泌疾病可能导致月经异常与妊娠并发，表现为经量少、色深。这类情况需检查性激素六项和甲状腺功能，妊娠后仍需密切监测胚胎发育情况。

妊娠初期出现异常阴道出血应避免剧烈运动，保持外阴清洁，每日记录出血量和颜色变化。饮食上增加富含维生素E的坚果和深色蔬菜，适量补充优质蛋白质。建议使用pH值温和的洗液清洁，避免阴道冲洗。所有异常出血情况均需在24小时内就医，通过超声检查明确妊娠位置和胚胎状态，必要时进行孕酮和HCG水平动态监测。保持情绪稳定，避免自行服用活血类药物或偏方。