当前医学水平还没有治疗肾囊肿的特效方法对于小的肾囊肿无症状时不需要做任何治疗但要定期复查观察囊肿是否继续增大无症状者应经常进行尿液检查包括尿常规、尿培养每半年至一年进行一次肾功能检查包括内生肌酐清除率
当囊肿并发感染时应加强抗菌素治疗尽管囊液中抗菌素所能达到的浓度很低因而常常需行经此穿刺引流经此穿刺引流失败的话采取手术切除囊肿壁的肾外部分并引流也被证明疗效颇佳发生肾积水时切除引起梗阻的囊肿壁可以解除输尿管梗阻累及肾脏的肾盂
肾炎提示存在尿路梗阻继而输尿管引流不通畅切除囊肿后自然就缓解了尿路压力从而使抗菌治疗更为有效