小便时阴茎刺痛可能由尿道炎、前列腺炎、尿路结石、性传播感染、泌尿系统肿瘤等原因引起，可通过抗感染治疗、排石治疗、手术切除等方式缓解。

尿道黏膜受细菌感染会出现排尿灼痛，常见病原体包括大肠埃希菌、淋球菌等。典型症状为尿频尿急伴尿道口分泌物，尿常规可见白细胞升高。可遵医嘱使用左氧氟沙星片、头孢克肟分散片、阿奇霉素片等抗生素治疗，治疗期间需保持会阴清洁。

前列腺充血水肿可压迫尿道产生刺痛感，多与久坐、饮酒等因素相关。可能伴随会阴胀痛、终末血尿等症状。直肠指检可触及肿大前列腺，前列腺液检查可见卵磷脂小体减少。常用药物包括盐酸坦索罗辛缓释胶囊、前列舒通胶囊、塞来昔布胶囊等。

尿道或膀胱结石移动时划伤黏膜会引起尖锐疼痛，疼痛常向龟头放射。B超或CT可明确结石位置，小于6毫米的结石可服用排石颗粒、尿石通丸配合多饮水排出，较大结石需体外冲击波碎石。

淋病或衣原体感染可引起尿道脓性分泌物及排尿刺痛，多发于不洁性接触后3-5天。尿道拭子PCR检测可确诊，需使用注射用头孢曲松钠联合多西环素片进行规范治疗，性伴侣需同步检查。

膀胱癌或尿道癌早期可能仅表现为无痛性血尿，肿瘤增大阻塞尿道时可出现排尿刺痛。膀胱镜检可见菜花样新生物，病理活检可确诊。早期可行经尿道膀胱肿瘤电切术，晚期需膀胱全切术。

建议每日饮水2000毫升以上稀释尿液，避免辛辣刺激食物。穿着宽松棉质内裤减少摩擦，排尿后从前向后擦拭会阴。若症状持续超过3天或出现血尿、发热等情况，需立即就诊泌尿外科。性传播疾病患者治疗期间禁止性生活，所有衣物需高温消毒。长期久坐人群每小时应起身活动5分钟，预防前列腺充血。