怀孕40天选择药物流产伤害相对较小。药物流产与人工流产相比，具有创伤小、恢复快、并发症少等优势，但具体选择需结合孕妇身体状况、孕囊大小及医生评估决定。

1、药物流产：

药物流产通过服用米非司酮和米索前列醇终止妊娠，适用于孕49天内的早期妊娠。其优势在于无需宫腔操作，减少子宫穿孔、感染等机械性损伤风险。常见副作用包括腹痛、阴道出血，极少数可能出现不全流产需清宫。

2、人工流产：

负压吸引术是孕10周内常用的人工流产方式，需通过器械进入宫腔操作。虽然手术时间短、成功率较高，但存在子宫内膜损伤、宫腔粘连、术后感染等风险，可能影响后续生育功能。

3、身体恢复：

药物流产后平均出血时间约2周，子宫内膜自然脱落修复；人工流产后出血通常1周内停止，但子宫收缩可能引起更强烈疼痛。药物流产者激素水平恢复周期较手术流产略长。

4、心理影响：

药物流产过程类似自然流产，隐私性较强；人工流产需面对手术环境，可能加重焦虑情绪。但药物流产持续时间较长3-5天，期间需密切观察孕囊排出情况。

5、适应症差异：

药物流产要求孕囊直径≤2.5厘米且排除宫外孕，患有哮喘、肾上腺疾病者禁用；人工流产适用于药物禁忌症者，但子宫过度前屈后屈、生殖道炎症急性期需谨慎。

流产后需卧床休息3天，1个月内禁止盆浴、游泳及性生活，保持外阴清洁。饮食宜补充优质蛋白如鱼肉、豆制品，多食含铁食物预防贫血，避免生冷辛辣刺激。每周复查超声至确认宫腔无残留，出血超过月经量或发热腹痛需立即就医。术后半年内需严格避孕，推荐使用短效避孕药或避孕套，避免重复流产对子宫造成累积伤害。