沙眼衣原体感染可引起沙眼和包涵体性结膜炎,沙眼是由沙眼衣原体感染所致的一种慢性传染性结膜角膜炎症,是导致盲目的只要疾病之一,沙眼多有a,b,c或者ba抗原行所致,沙眼多为双眼发病,通过直接接触或污染物间接传播,节肢昆虫也是传播媒介,易感危险因素包括不良的卫生条件,营养不良,酷热或沙尘气候,热带、亚热带地区干旱季节容易传播。而包涵体性结膜炎是由d至k型沙眼衣原体引起的一种,通过性接触或产道传播的急性或亚急性滤泡性结膜炎症,包涵体性结膜炎好发于性生活频繁的年轻人,多为双侧,衣原体感染男性尿道和女性子宫后通过性接触和手眼传播到结膜,游泳池也可间接传播疾病,新生儿经产道
分娩时也可能感染。