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生殖器疱疹存在潜伏期，通常为2-12天，实际时间受到病毒载量、免疫状态、感染部位、首次感染或复发等因素影响。
1、病毒载量病毒入侵数量较多时潜伏期可能缩短，病毒复制速度加快会导致症状提前显现。
2、免疫状态免疫功能低下者潜伏期可能缩短，艾滋病患者或长期使用免疫抑制剂的人群可能出现快速发病。
3、感染部位黏膜部位感染比皮肤感染潜伏期更短，生殖器黏膜的丰富神经末梢会加速病毒扩散。
4、感染类型首次感染潜伏期长于复发感染，机体缺乏特异性抗体时病毒需要更长时间完成初始复制。
潜伏期内病毒已具备传染性，出现灼热感或刺痛等前驱症状时应避免性接触，及时进行HSV抗体检测。
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