眼睛不在同一水平线上可能由先天性发育异常、眼肌麻痹、外伤、甲状腺相关眼病、神经系统疾病等原因引起。

1、先天性发育异常：

部分人群出生时即存在眼外肌发育不对称或眼眶结构异常，导致双眼位置不协调。这种情况通常在婴幼儿期即可被发现，可能伴随斜视或屈光不正。轻度发育异常可通过视觉训练改善，严重者需手术矫正。

2、眼肌麻痹：

控制眼球运动的动眼神经、滑车神经或外展神经受损时，会出现单侧眼肌麻痹。常见病因包括糖尿病神经病变、病毒感染或颅内血管压迫，患者除眼球位置异常外，常伴有复视症状。需针对原发病治疗，急性期可考虑棱镜矫正。

3、外伤因素：

眼眶骨折或眼外肌直接损伤会导致机械性眼球运动障碍。外伤后可能出现眼球内陷或上移，伴随眼眶肿胀和皮下淤血。需通过CT检查明确骨折范围，部分病例需要手术复位固定。

4、甲状腺相关眼病：

自身免疫反应引起眼外肌水肿和纤维化，导致眼球突出和运动受限。患者多伴有甲状腺功能异常症状如心悸、消瘦，典型表现为眼球下转困难造成的"凝视"外观。治疗需控制甲状腺功能，严重病例需糖皮质激素或眼眶减压手术。

5、神经系统疾病：

脑干病变、多发性硬化等中枢神经系统疾病可能影响眼球运动神经核团，导致核上性眼肌麻痹。这类患者往往伴有其他神经系统症状如肢体无力、共济失调等，需通过MRI检查明确诊断后针对病因治疗。

建议出现眼球位置异常时尽早就诊眼科或神经科，完善视力检查、眼球运动测试和影像学评估。日常生活中注意避免过度用眼，保持规律作息，适量补充维生素A和叶黄素等营养素。对于已确诊患者，应遵医嘱进行视觉功能训练，避免驾驶等需要立体视功能的活动，定期复查监测病情变化。