整肠生和双歧杆菌各有优势，具体选择需根据个体肠道状况决定。整肠生适用于急性腹泻或肠道菌群紊乱的快速调节，双歧杆菌更适合长期肠道微生态平衡维护。两者主要差异体现在菌种特性、适应症及起效速度等方面。

整肠生主要成分为地衣芽孢杆菌，具有耐胃酸特性，能快速在肠道形成生物膜抑制致病菌，对急性细菌性肠炎效果显著。双歧杆菌作为人体原生菌群，能与肠黏膜紧密结合促进免疫调节，对慢性便秘、肠易激综合征等功能性肠道问题改善更持久。两种制剂均能缓解抗生素相关性腹泻，但整肠生起效更快，双歧杆菌对婴幼儿肠道发育更有益。

整肠生可能引起短暂腹胀或排气增多，不适合免疫功能低下者长期使用。双歧杆菌对储存条件要求严格，高温易失活，与抗生素联用需间隔两小时以上。部分人群对整肠生中的芽孢杆菌可能产生轻微过敏反应，而双歧杆菌在严重肠黏膜损伤时定植效果可能受限。

使用益生菌制剂期间应避免与温度超过40度的食物同服，储存时注意避光防潮。日常可配合摄入酸奶、泡菜等发酵食品增强效果，但乳糖不耐受者需谨慎选择含乳双歧杆菌的产品。若症状持续超过一周或出现血便、高热等异常，应及时就医评估是否存在器质性病变。