脑干萎缩患者的生存期差异较大，轻症患者可能存活数年至数十年，重症患者生存期可能显著缩短。脑干萎缩的预后主要与病因类型、神经损伤程度、并发症控制、治疗干预时机、基础疾病管理等因素相关。

脑血管病变导致的萎缩通过规范治疗可能稳定病情，而遗传性退行性疾病如多系统萎缩往往进展较快。缺血缺氧性脑病早期干预可延缓病程，神经变性疾病目前缺乏有效阻断手段。

仅影像学显示萎缩但功能代偿良好的患者生存期接近常人，已出现吞咽困难、呼吸衰竭等脑干功能衰竭表现者预后较差。神经元丢失超过百分之五十时，生命维持系统易发生不可逆损害。

有效预防吸入性肺炎、深静脉血栓等并发症可延长生存期。呼吸机辅助、胃造瘘等支持治疗能改善晚期患者生存质量，但无法逆转疾病本质进展。

在脑干传导束尚未完全变性前，神经营养药物和康复训练可能保留部分功能。错过神经可塑性窗口期后，治疗效果随病程延长呈指数级下降。

严格控制高血压、糖尿病等原发病能减缓萎缩进展。合并多器官功能衰竭或恶性肿瘤患者，预期寿命受多重因素制约显著缩短。

建议患者定期进行吞咽功能评估和呼吸肌训练，保持半卧位进食预防误吸，使用加湿器维持呼吸道湿润。营养支持宜选择高蛋白匀浆膳，康复训练需重点维持关节活动度。家属应学习翻身拍背等护理技能，监测血氧和体温变化，及时处理呼吸道分泌物。心理干预有助于改善患者情绪状态，疼痛管理需避免使用抑制呼吸中枢的药物。