遗传流行病学资料发现SLE具有家族聚集倾向,同卵双生子SLE发病一致率达25%~70%,明显高于异卵双生子(2%~9%)。本病患者近亲发病率也高,国外报道12%SLE患儿近亲中患有同类疾病,其他自身免疫性疾病发病率也高于人群总发病率。但大量的遗传病学研究分析,证实SLE是多基因遗传,位于第6对染色体中的多个基因位点与发病有关,尤其是遗传性补体基因缺陷(C1r,C1s,C2及C4等早期补体成分缺陷)。人类白细胞抗原(HLA)基因(HLA-B8、BWl5、DR2、DR3)T细胞表面抗原受体(TCR)基因、免疫球蛋白基因等经典免疫应答基因的多态性也与罹患SLE有关。其中日本人、中国人HLA-DR2位点频率增高,西欧血统白人HLA-DR2和(或)DR3位点频率增高中国南方汉人SLE发病与DRBl*0301及DQBl*0608有关,美国黑人与DRB1*1503,DQAl*0102和DQBJ*0602有关。但其他人群研究未发现HLA-Ⅱ类基因与SLE发病有如此相关性。
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