预后大部分患儿可以完全恢复,不留任何神经系统后遗症。少数患儿病情严重,尤其是单纯疱疹病毒脑炎患者,可有脑实质的严重受累,预后不良,常常遗留神经精神异常,可有运动障碍、
癫痫、视听功能受损和智力低下等。早期发现病人,及时隔离病人至体温正常为止。注意病情变化,观察体温、脉搏、呼吸、血压、瞳孔大不不等、呼吸节律失常等征象。消灭蚊虫孳生地,抓好防蚊,灭蚊措施,切断传播途径。提高人群免疫力,对易感者,尤其是10岁定期作乙脑疫苗接种,一般在流行季节前1-2月进行。如有瘫痪可能给予按摩等,以促进肢体功能的恢复。各种减毒病毒疫苗(麻疹、流行性腮腺炎、风疹等)已明显减少了这些病毒感染性疾病的中枢神经系统合并症。乙脑疫苗可预防虫媒病毒脑炎。