（1）近亲性行为而孕之子不健康
远古时期的性关系是杂乱的，如前文所述的“伏羲与女娲”及“圣人无父”等传说。这种杂乱的含有血缘亲的性关系，其子女的健康受到了影响，因而又成为性禁忌的重要内容。从文献上看，最早提出反对近亲性行为的，应是在周代。《礼记?昏义》中说：“昏（婚）礼者，将合二姓之好，上以事宗庙，而下以继后世也，故君子重之。是以昏礼、纳采、问名、纳吉、纳徵、请期……”，可见这时的婚配已经有了诸多的约束。性行为的目的既是对祖宗的孝敬，又是对后代繁衍的寄托，所以“君子重之”，并且，对婚配者的家族、姓名、结婚日期以及吉凶征兆等皆列入婚礼内容。同时明确提出“取妻不同姓”（《礼记?昏义》），《春秋公羊传记疏》说：“礼不娶同姓，买妾不知其姓则卜之，为同宗共祖乱伦，与禽兽无别。”而《魏书?高祖记》对此作了总结，“淳风行于上古，礼化用乎近叶。是以夏殷不嫌一族之婚，周世始绝同姓之娶”。但这时的同姓不婚只是从伦理的层面上提出来的，而并没有认识到近亲婚配对健康的影响。大连大学附属中山医院中医男科毕焕洲
到了春秋时期，明确提出了近亲结婚会影响子女的健康，《左传?僖公二十三年》记载，郑人叔詹言及“男女同姓，其生不蕃”，《左传?昭公元年》有“内官不及同姓，其生不殖”。而《国语?晋语》中则指出了婚配对子女健康影响的严重性，“娶妻避其同姓，畏乱灾也”，羸弱畸形及弱智已成象“灾难”一样之事。
（2）近亲性行为及性行为过度会影响自身的健康
当时人们认为近亲婚配不仅会影响子女的健康，同时也会影响性行为本人的身体健康。《左传?昭公元年》中提到晋侯生病，多方医治无效，一位谋臣断定是他在后宫中蓄有四个同姓女子引起，是近亲性行为的结果，“内官不及同姓，其生不殖，美先尽矣，则相生疾”。其后又请来一位医生，这位医生认为是性行为过度而引起的，晋侯问：“女不可近乎？”医生回答：“节之！”并分析了其病因病机，“女阴物而晦时，淫则生内热、惑蛊之疾。今君不节、不时，能无及此乎”？认为，性行为过度可以致病，而近亲性行为尤为严重。当然，从今天科学的角度上看，近亲性行为对自身的健康并无影响，若有影响也来自心理的压力。
